基于生物信息学筛选肉瘤免疫微环境中的预后标记物
王延峰 1，2，3，王虎霞 4，宋张骏 2*
1.西安交通大学医学部，陕西 西安，710061；2.陕西省人民医院乳腺科，陕西 西安，710068；3.延安大学附属医院检验科，陕西 延安，716000；4.陕西省肿瘤医院乳腺科，陕西 西安，710000
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摘要：
目的 基于生物信息学筛选肉瘤免疫微环境中的预后标记物，旨在为肉瘤免疫治疗方案制定提供参考。方法 下载癌症基因图谱（TCGA）数据库中 265 个肉瘤的 RNA-seq 表达谱。利用 R 语言“limma”包筛选差异表达基因（DEGs），Veen 图获取共同的 DEGs。利用蛋白质-蛋白质互相作用（PPI）网络互作分析结合Cytoscape 软件获取关键的 DEGs；利用 GEPIA 数据库鉴定预后的相关基因，TIMER 数据库中分析基因表达与免疫细胞浸润水平的相关性；基因富集分析（GSEA）验证关键基因对免疫相关信号通路调节作用。结果 Kaplan-Meier 生存分析结果表明，Immune Score、Stromal Score 和 ESTIMATE Score 与肉瘤患者总生存时间（OS）和疾病特异性生存时间（DSS）呈正相关（P<0.05）。PPI 核心模块中主要包含了 10 个核心的基因，即CD4、LCK、PTPN6、SYK、CD8A、PTPRC、CD3D、CD3E、LCP2、ITGAM，其中 LCK、CD3E、PTPN6 关键基因与患者的不良预后和免疫细胞浸润水平显著相关。单基因 GSEA 分析表明，LCK、CD3E 及 PTPN6 表达上调能够显著地富集在 T 细胞受体信号通路。结论 LCK、CD3E 及 PTPN6 表达与肉瘤患者的预后和免疫细胞浸润有关，这一发现可能有助于改进肉瘤患者的免疫治疗。